长三角一体化距离目标尚有较大差距，在推进过程中面临三股力量掣肘。

城市本位主义。为使本地投资和经济增长速度最大化，各地都有自己的产业规划、招商引资计划和城市经营战略。同构化、同质化竞争造成“市场碎片化”，城市本位主义强盛，以致“貌合神离”。

财税收支。“分灶吃饭”放活了地方经济，但土地价格、税源上的争夺加剧。围绕重大项目落地，相互挖墙脚。此外，区域一体化的一个基本前提就是价值链的一体化，而价值链在不同地区的分布是不一样的，产生的收益也不一样，上海策划、设计和江苏、浙江、安徽的生产、配套相结合的价值链塑造过程中，针对价值链不同环节产生的土地财政、税收收益差距的考量，城市间陷入博弈困境。

市场经济的马太效应。市场化改革提高了地方自主创新能力，发挥了市场化配置效率。不过，市场自由竞争会推动资源向强势一方流动，像上海、南京、杭州，拥有优越的地缘、集成的交通、良好的先发基础，将虹吸周边资源，从而超然胜出。市场化配置倾向长三角内部分化。

针对上述问题，长三角一体化需采取“政府+市场”复式模式，并发挥省市层面的能动性。

一体化绝不是简单的区域之间规划共绘、交通共网、生态共治、设施共建、科技共创，而是从根本上打通区域之间各种硬性、软性的壁垒，构建区域性统一的国内大市场。

若要实现这样的一体化，强化区域之间各个节点的关联以及为关联铺路搭桥的空间建设将是必需，但更关键的是城市本质功能的回归。

未来长三角城市功能将沿着交易—管控—居住—枢纽—高级交易—体验经济—创新经济的轨迹变迁，具有全球化流量的长三角枢纽城市在全球资源交易和流动中起着重要战略性作用。

一旦回归要素优化配置，包括像杭州、南京、合肥以及宁波、苏州等城市，都将拥有自身特定的功能，某些功能甚至能超过上海，这将会改变传统产业链垂直分工模式，形成水平的协同分工模式。

此外，城市功能创新不可或缺，它将使长三角内部各城市嵌合得更加紧密。